No dia de Natal de 1961, o Papa João XXIII anunciou a realização de um Concílio. Tinha como objetivo o aggiornamento da Igreja, a sua atualização, procurando desse modo reconciliar o cristianismo com o mundo moderno.
Menos de um mês depois, em janeiro de 1962, numa Nota Pastoral, o episcopado português tornou públicas as suas reais preocupações. Começou por referir “as dores da Pátria”, e especificamente, “a perda de Goa”, que foi como se lhe “roubassem do seu tesouro a joia mais preciosa”. A Igreja tinha, então, razões para estar sobressaltada: em dezembro de 1961, a União Indiana havia atacado e anexado o Estado Português da Índia.
Nessa “hora grave e dolorosa da história de Portugal”, o episcopado alarmava-se com o comunismo, porque ele assestava “todas as suas peças de assalto” “contra a nossa Pátria”. Naturalmente que com o comunismo “nenhum católico” poderia colaborar, porque o “seu triunfo seria a negação total de Deus, a destruição da Igreja, a escravidão do homem”.

Mas o episcopado tinha outras preocupações. Afligia-o “ver grande parte da nossa juventude tão vazia de ambição heroica”. Entristecia-o que alguma andasse perdida, por “doutrinas homicidas”, que pretendiam “destruir o bem que se possui por um quimérico ideal futuro”. E era grande o desalento, diante desta “juventude sem flor”, “desenraizada de Deus, da família, da Pátria”, que ignorava “o dever imediato e concreto”. E a finalizar, o episcopado gritava ao alarme: “Aí andam o laicismo e todas as modernas formas do ateísmo a descristianizar a vida individual, familiar, política e social”.
Era esta a doutrina da Conferência Episcopal Portuguesa. Mas já não era a doutrina de quem na Igreja se preparava para o aggiornamento, no Concílio Vaticano II. Nas vésperas do Concílio, a Nota Pastoral dos bispos exprimia o entendimento de que a doutrina católica “É doutrina universal”, uma doutrina que “Vale em todos os tempos e para todos os povos”.

Foi, de facto, a segurança nesta “doutrina universal” que convenceu o episcopado português a partir para Roma, sem teólogos nem biblistas, que o ajudassem nos trabalhos conciliares, um comportamento que não teve, aliás, correspondência com a generalidade dos episcopados. Teólogos e biblistas notáveis, onde predominavam os da Europa central, da França, Alemanha, Suíça, Bélgica e Holanda, marcaram presença no Concílio e tiveram nele um papel fundamental. E entre eles encontravam-se os dominicanos, Chenu, Congar, Schillebeeckx e Duquoc, os jesuítas de Lubac e Rahner, e ainda, o suíço Küng, e o alemão Metz.

Durante três anos, entre outubro de 1962 e dezembro de 1965, o Concílio realizou o seu trabalho de aggiornamento da Igreja, e não apenas debateu, teologicamente, as guerras legítimas, como eram o caso as guerras contra o colonialismo, como refletiu, além de outros desafios, sobre o diálogo entre as Igrejas e as culturas contemporâneas; o diálogo ecuménico entre as várias Igrejas cristãs, e também entre o cristianismo e as religiões não cristãs; os problemas do desenvolvimento; a sexualidade e o planeamento familiar; a emancipação das mulheres; a questão da ideologia, do marxismo, da revolução, do ateísmo; a informação livre; enfim, a importância crescente da tecnologia. Tratou-se, aliás, de um debate instruído, ativamente, pelas Ciências Sociais e Humanas, as quais, por essa altura, na Inglaterra, na Universidade de Birmingham, e especificamente no Centro de Estudos Culturais e Contemporâneos, tinham como preocupação fundamental os estudos étnicos, pós-coloniais, comunicacionais, antropológicos, etnográficos e feministas, estabelecendo um compromisso com atual e o contemporâneo, um compromisso com o presente e o quotidiano.

Mas esta doutrina, de abertura da Igreja ao mundo contemporâneo e ao pensamento crítico das Ciências Sociais e Humanas, não era doutrina em Portugal. Em 1970, o Papa Paulo VI recebeu Marcelino dos Santos (dirigente da Frelimo, em Moçambique), Agostinho Neto (dirigente do MPLA, em Angola) e Amílcar Cabral (dirigente do PAIGC, na Guiné e em Cabo Verde). Como é que poderia ser doutrina em Portugal a independência das colónias, num país que mantinha três frentes de guerra, em Angola, Moçambique e Guiné?

Mas o país debatia-se com outras preocupações. Vivia o flagelo da emigração, sobretudo para França e Alemanha. E era, acima de tudo, uma sociedade bloqueada, internamente, por um regime autoritário, que violava os direitos humanos, prendendo cidadãos por razões políticas; e não respeitava o direito à informação, montando um dispositivo de censura. Enquanto isso, interditou, literalmente, a Sociologia, proibindo o seu ensino na Universidade.
Pelo século XX adiante, Salazar não se cansou de nos dizer, todavia, que Portugal nascera à sombra da Igreja. E resumiu, esplendidamente, essa ideia, em janeiro de 1949, na sessão inaugural da II Conferência da União Nacional, realizada no Porto. “Portugal nasceu à sombra da Igreja, e a religião católica foi desde o começo elemento formativo da alma da Nação e traço dominante do carácter do povo português. Nas suas andanças pelo mundo - a descobrir, a mercadejar, a propagar a fé - impôs-se sem hesitações a conclusão: português, logo católico”.

No entendimento de Salazar, Portugal, Nação e Catolicismo eram apenas uma e a mesma coisa, devendo ser, por isso, uma só carne. Por essa razão, não tinha sentido haver no país outra voz que a de quem incarnava o destino nacional, o Governo do Estado Novo, comandado desde 1932 por Salazar. Todavia, a Igreja ouviu em 1949 o que já sabia, há muito, porque foi voluntária a sua submissão ao salazarismo.
Uma escola de Teologia, no entanto, o Instituto Superior de Estudos Teológicos, criado em 1967, e dirigido pelos frades dominicanos, Raimundo de Oliveira e Bento Domingues, mas onde também ensinavam, entre outros, Mateus Peres, Luís de França e Francolino Gonçalves, distinguiram-se como arautos da doutrina do Concílio.

Mas o episcopado não descansou enquanto não levou Roma a encerrá-lo, o que aconteceu em 1975, paradoxalmente já depois da Revolução de Abril.
Por essa altura, já uma geração de católicos, que chegara a acreditar na mensagem do Concílio Vaticano II, havia desesperado com a Igreja Católica. Esse processo doloroso é descrito por João Bénard da Costa no livro que publicou em 2003, com o título Nós os vencidos do catolicismo. Bénard da Costa refaz neste livro o percurso de uma geração de católicos, que ainda nos anos 50 rompera o pacto da Igreja com o Estado Novo, depois da carta que o bispo do Porto, D. António Ferreira Gomes, enviou a Salazar, em 1958. Essa geração de católicos, embora tenha chegado a depositar esperanças no Concílio, chegou já vencida aos anos setenta.